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Guida a RasMol:

A cura di: Debby

RasMol è un programma di rendering 3D, per la visione in 3D della struttura di proteine. Per il download del programma cliccare sul link sottostante:

Download Rasmol 2.6 (versione per Windows)

E' necessario inoltre scaricare le strutture delle proteine dal sito: www.pubmed.com . Entrati nel sito PubMed, cliccare sul menu Structure in alto, e nel campo di ricerca inserire il nome della proteina ricercata. Il risultato darà la proteina ricercata. Ogni proteina è siglata con un codice a 4 cifre, per es:

1BKV=collagene

2C7A=progesterone

Cliccando sopra al relativo link, compaiono delle informazioni supplementari, come la famiglia, la struttura e riferimenti bibliografici: qui si deve cliccare sul codice della proteina di fianco a PDB.

Es.  PDB: 2DN1   qui cliccare su 2DN1

Nella nuova pagina cliccare sul primo simbolo in alto di fianco al codice per scaricare gratuitamente la struttura della proteina: sarà salvata su pc come file con formato .pdb.

Una volta scaricata la proteina, lanciare il programma RasMol.

Si apriranno 2 finestre:

- 1 a schermo nero (Command Line, prompt comandi)

- 1 a schermo bianco (RasMol)

Per accede alla proteina scaricata, andare dalla finestra principale di RasMol, dal menu File  --> Open e scegliere il file .pdb precedentemente salvato.

Viene visualizzata la struttura della proteina. Per modificare la visuale della struttura, cliccare su Display e scegliere il tipo di struttura.

Comandi:

Dal menu File --> Information si può accedere ad alcune informazioni, come il numero di atomi costituenti la proteina. Da File--> Print si può stampare la videata.

Dal menu Export è possibile esportare la visuale della proteina come file .bmp.

Digitando nella finestra del prompt comandi:

label on: compariranno sulla struttura i nomi dei vari atomi presenti (label off per tornare come prima).

show sequence per vedere la sequenza di amminoacidi della proteina.

select cys  (select seguito dalle 3 lettere identificative dell'amminoacido, in questo caso cisteine) per selezionare tutte le cisteine. Select all invece si usa per selezionare tutti gli atomi della proteina (comparirà il numero di atomi costituenti la proteina).

color green (color seguito dal colore, in questo caso verde) per colorare gli atomi/amminoacidi selezionati.

Cliccando col mouse in un punto della proteina, sarà visualizzato nella linea di comando il nome dell'atomo e dell'amminoacido di cui fa parte (es. CB 609 Group:MET 83 Chain: A, cioè carbonio 609 appartenente all'amminoacido metionina 83 sulla catena A della proteina). E' possibile evidenziare il solo amminoacido, in questo caso col comando select met83 [invio] seguoto poi da color yellow [invio] per colorarlo di giallo.

set picking distance: stiamo definendo (set) una nuova funzionalità dei pulsanti del mouse (le cui operazioni vengono indicate come picking),  ovvero quella di calcolare le distanze (distance). Ricordiamo che prima la funzione del mouse era quella di “identificare” l’atomo cliccato.     Cliccate su due atomi. Nella finestra a linea di comando comparirà il valore della distanza in Angstrom.

Allo stesso modo si possono misurare gli angoli di valenza dando il comando: set picking angle, oppure misurare gli angoli di torsione dando il comando: set picking torsion

Per ripristinare la normale funzione del mouse di identificare l’atomo “cliccato” scrivere nella linea di comando: set picking ident

Per i molti altri comandi del programma, è possibile scaricarne il manuale (in inglese) dal seguente link:

Download Manuale Rasmol